一、维持陕西省子长市人民法院（2020）陕0623民初1270号民事判决第二、三、四、五项；

二、撤销陕西省子长市人民法院（2020）陕0623民初1270号民事判决第一项；

三、变更陕西省子长市人民法院（2020）陕0623民初1270号民事判决第一项为：由陕建三公司于本判决生效后十日内一次性支付颐园公司工程款3518467.9元及违约金（2018年7月1日至2018年8月15日以14818467.9元为基数，2018年8月16日至2018年10月11日以12818467.9元为基数，2018年10月12日至2018年12月3日以10818467.9元为基数，2018年12月4日至2018年12月5日以8818467.9元为基数，2018年12月6日至2019年3月29日以6818467.9元为基数，2019年3月30日至2019年7月30日以4818467.9元为基数，2019年7月31日至2020年3月9日以3818467.9元为基数，2020年3月10日至全部履行完毕之日止以3518467.9元为基数，违约金均按日万分之一计算）。陕建控股集团对上述工程款及违约金承担连带清偿责任；

四、驳回颐园公司的其他上诉请求；

五、驳回陕建三公司的上诉请求。

二审案件受理费8250元，由上诉人（被上诉人）延安市志丹县颐园市政工程有限责任公司负担1500元，上诉人（被上诉人）陕西建工第三建设集团有限公司负担6750元。

本判决为终审判决。