相信很多人都有一个疑问：居民个人既有综合所得，又有经营所得，专项附加扣除等项目应如何扣除?这个问题对于个人独资企业或是合伙企业的经营者来说应该是比较关心的。

那么，既有综合所得又有经营所得怎么办?

根据相关规定，取得经营所得的个人，没有综合所得的，计算其每一纳税年度的应纳税所得额时，应当减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的其他扣除。专项附加扣除在办理汇算清缴时减除。

换而言之，如果个人在一个纳税年度内既有综合所得，又有经营所得的，综合所得税的扣除项就不能用于经营所得内扣除了，(即：减除费用6万元、专项扣除、专项附加扣除以及依法确定的企业年金等其他扣除项目)。此时，专项附加扣除等项目只能在综合所得中扣除。

注：综合所得——工资、薪金所得;劳务报酬所得;稿酬所得;特许权使用费。

举例来说，2019年1月1日，张某在上海成立A企业，A企业年营业额600000元。该年度张某还从B有限公司取得工资薪金每月15000元。张某按规定实际缴纳的“三险一金”为每月2000元，可享受的专项附加扣除为每月1000元。没有其他收入和扣除项目。A企业为服务业个人独资企业，采用核定征收方式。

对张某来说，从两处取得收入，需要分别从两处申报，其中综合所得可减除费用6万元、专项扣除和专项附加扣除，而这些项目不能在经营所得中扣除。

此时，其综合所得应纳税所得额为15000×12-60000-2000×12-1000×12=84000(元)，应纳税额为84000×10%-2520=5880(元)。

其经营所得应纳税所得额为600000/1.03*10%=58252.4(元)，应纳税额为58252.4×10%-1500=4325.24(元)。

还有一个问题，投资者从独资企业或合伙企业取得“工资”，应如何办理预缴?

根据《个人所得税法实施条例》第六条的规定，个人独资企业投资人、合伙企业个人合伙人(以下简称“投资者”)来源于境内注册的个人独资企业、合伙企业生产、经营的所得，按经营所得项目缴纳个人所得税。因此，张某如果从A企业取得所谓“工资”所得，应按经营所得项目缴纳个人所得税。

在税务处理上，应将张某和其他从业人员分开，对非投资者取得的工资、薪金所得和劳务报酬所得等综合所得，仍按规定进行全员全额明细申报;对张某等投资者则应按经营所得项目进行申报。

现在因为一些企业在税收洼地成立个人独资企业后，担心自己有两份收入会合并到一起汇算清缴，其实，分开核算是最规范的，从企业获得的收入列入经营所得，从事工作获得的工资列入综合所得。

个人独资企业核定征收后税负是很低的，如果个人独资企业年收入在400万左右，那么综合税金为：

增值税：400/1.01*1%=3.96(万元)

个人经营所得税：400/1.01*10%*30%-4.05=7.83(万元)

附加税：3.96*5%=0.2(万元)

3.96+7.83+0.2=11.99(万元)

如果年薪400万的话，按照工资薪金申报，在没有专项扣除的情况下需要缴纳大约159万，所以一般来说，在收入同等的情况下，经营所得一般都是低于综合所得的，不必担心经营所得汇算到综合所得，让你的个税提档。