一、被告南通城启建设有限公司于本判决生效之日起十日内向原告山东东来置业有限公司返还多支付的工程款5286977.26元；

二、被告南通城启建设有限公司于本判决生效之日起三十日内向原告山东东来置业有限公司移交施工资料并配合办理工程综合验收备案事宜；

三、驳回原告山东东来置业有限公司的其他诉讼请求。

如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务的，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

案件受理费89548元，财产保全费5000元，合计94548元（原告山东东来置业有限公司已预缴49774元），由被告南通城启建设有限公司负担49280元，由原告山东东来置业有限公司负担45268元；鉴定费200000元，由原告山东东来置业有限公司和被告南通城启建设有限公司各负担100000元。

如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于山东省滨州市中级人民法院。