一、维持四川省高级人民法院（2016）川民初96号民事判决第三项；

二、撤销四川省高级人民法院（2016）川民初96号民事判决第一项、第二项、第四项；

三、大邑县现代农业发展投资有限公司于本判决生效之日起十五日内向河南国安建设集团有限公司支付红光一社项目投资成本8，954，358.18元及资金占用利息（利息以8，954，358.18元为基数，自2014年12月30日至2019年8月19日按中国人民银行同期贷款基准利率计算，自2019年8月20日起至付清时止按同期全国银行间同业拆借中心公布的贷款市场报价利率计算），并自2017年8月11日起按每日0.01%计算支付迟延付款违约金至投资成本付清时止；

四、大邑县现代农业发展投资有限公司于本判决生效之日起十五日内向河南国安建设集团有限公司支付芙蓉三期项目投资成本37，243，437.15元及资金占用利息（利息以37，243，437.15元为基数，自2016年8月3日至2019年8月19日按中国人民银行同期贷款基准利率计算，自2019年8月20日起至付清时止按同期全国银行间同业拆借中心公布的贷款市场报价利率计算），并自2018年6月7日起按每日0.01%计算支付迟延付款违约金至投资成本付清时止；

五、大邑县现代农业发展投资有限公司于本判决生效之日起十五日内向河南国安建设集团有限公司支付红光一社和芙蓉三期项目的迟延付款违约金3，672，492.98元、资金占用利息1，018，673.63元；

六、驳回河南国安建设集团有限公司的其他诉讼请求。

一审案件受理费352，000元，鉴定费1，790，000元，先予执行费10，000元，共计2，152，000元，由国安公司负担212，000元，大邑农投负担1，940，000元；二审案件受理费142，000元，由国安公司负担15，000元，大邑农投负担127，000元。

本判决为终审判决。