一、被告江西绿阳林业有限公司于本判决生效之日起十日内向原告上海雨明苗木专业合作社支付苗木款3721667元；

二、被告江西绿阳林业有限公司于本判决生效之日起十日内向原告上海雨明苗木专业合作社支付逾期付款违约金125771元（按年利率7.125%暂算至2019年12月25日），并支付2019年12月26日起至欠款全部付清之日止按年利率7.125%计算的逾期付款违约金；

三、驳回原告上海雨明苗木专业合作社的其他诉讼请求。

如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

案件受理费85241.75元，由原告上海雨明苗木专业合作社负担54369.36元，被告江西绿阳林业有限公司负担30872.39元。

如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按照对方当事人的人数提出副本，上诉于江西省高级人民法院。