一、维持常州市新北区人民法院（2017）苏0411民初2834号民事判决第三项、第四项、第五项；

二、撤销常州市新北区人民法院（2017）苏0411民初2834号民事判决第一项、第二项；

三、驳回常州红太阳药业有限公司的所有诉讼请求。

如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务的，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

一审本诉案件受理费7587元，由红太阳公司负担；反诉案件受理费2167元、司法鉴定费5000元，合计7167元，由自动化公司负担2858元，红太阳公司负担4309元。二审案件受理费9754元，由红太阳公司负担。

本判决为终审判决。