一、维持广东省深圳市宝安区人民法院（2018）粤0306民初19862号民事判决第二项、第三项、第四项；

二、撤销广东省深圳市宝安区人民法院（2018）粤0306民初19862号民事判决第五项；

三、变更广东省深圳市宝安区人民法院（2018）粤0306民初19862号民事判决第一项为：山东物流集团清恒能源有限公司于本判决生效之日起十日内向中集永发(天津)融资租赁有限公司支付租金939，939.3元以及逾期付款违约金31，957.94元（暂计至2019年10月12日，之后的违约金按年利率24%标准计算，计至租金实际付清之日止）；

四、驳回中集永发(天津)融资租赁有限公司的其他诉讼请求。

一审案件受理费16，198元，财产保全费5，000元，合计21，198元，由中集永发(天津)融资租赁有限公司负担5，403元，由山东物流集团清恒能源有限公司、中融新大集团有限公司、成武恒通能源有限公司共同负担15，795元。二审案件受理费588元，由山东物流集团清恒能源有限公司、中融新大集团有限公司、成武恒通能源有限公司共同负担。

本判决为终审判决。