一、被告中能电子商务(深圳)有限公司应于本判决发生法律效力之日起十日内向原告山东深国际渤海物流科技发展有限公司支付运费、物流服务费1603024.52元；

二、被告中能电子商务(深圳)有限公司应于本判决发生法律效力之日起十日内向原告山东深国际渤海物流科技发展有限公司支付违约金（违约金按照日0.5‰标准计算，其中第三笔运费、物流服务费的违约金，以应付款951512.26元为计算基数，从2019年8月25日开始计算，计至2019年11月8日；第四笔运费、物流服务费的违约金，以应付款951512.26元为基数，从2019年8月28日开始计算，计至2020年4月28日；以应付款851512.26元为计算基数，从2020年4月29日计至2020年5月8日；以应付款751512.26元为计算基数，从2020年5月9日计至2020年7月10日；以应付款651512.26元为基数，从2020年7月11日开始计算，计至实际清偿之日止；第五笔运费、物流服务费的违约金，以应付款951512.26元为计算基数，从2019年9月16日开始起算，计至实际清偿之日止）。

如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

本案案件受理费22725元、财产保全费5000元，合计27725元（已由原告预交），由被告负担。

如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于广东省深圳市中级人民法院。