一、驳回原告（反诉被告）国家税务总局怒江傈僳族自治州税务局的全部本诉请求；

二、原告（反诉被告）国家税务总局怒江傈僳族自治州税务局在本判决生效之日起十日内一次性支付被告（反诉原告）云南保山鹏程建筑工程有限责任公司工程款92，591.74元及其按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算两年零七个月的利息；

如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

三、驳回被告（反诉原告）云南保山鹏程建筑工程有限责任公司的其他反诉请求。

本诉案件受理费3292元，由原告（反诉被告）负担；反诉案件受理费4058元，由被告(反诉原告)负担3246元，原告（反诉被告）负担812元；鉴定费8602元，由被告(反诉原告)负担6882元，原告（反诉被告）负担1720元。

由如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内。向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提交副本，上诉于云南省怒江傈僳族自治州中级人民法院。