一、维持荣成市人民法院（2019）鲁1082民初202号民事判决第二项，即（二）驳回中国核工业二四建设有限公司石岛湾项目部反诉要求荣成市方正爆破工程有限公司支付违约金之诉讼请求；

二、撤销荣成市人民法院（2019）鲁1082民初202号民事判决第一项，即（一）中国核工业二四建设有限公司石岛湾项目部于判决生效后10日内支付荣成市方正爆破工程有限公司工程款424067.43元及逾期付款违约金（以424067.43元为本金，自2016年6月20日起至实际给付之日止，按中国人民银行同期贷款利率的1.3倍计算）；

三、中国核工业二四建设有限公司石岛湾项目部于本判决生效后十日内支付荣成市方正爆破工程有限公司工程款100053.30元及逾期付款违约金（以100053.30元为本金，自2016年6月20日起至2019年8月19日按中国人民银行同期贷款利率1.3倍计算，自2019年8月20日至实际履行之日止，按全国银行间同业拆借中心公布的贷款市场报价利率1.3倍计算）；

四、驳回荣成市方正爆破工程有限公司工程款其他诉讼请求。

如未按本判决指定的期限履行给付金钱义务，应按照《中国人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定加倍支付迟延履行债务期间的债务利息。

一审案件受理费4264元，由荣成市方正爆破工程有限公司负担3258元，中国核工业二四建设有限公司石岛湾项目部负担1006元；反诉费1866元，由中国核工业二四建设有限公司石岛湾项目部负担。二审案件受理费12260元，由荣成市方正爆破工程有限公司负担9367元，中国核工业二四建设有限公司石岛湾核电项目部负担2893元；鉴定费33000元，由荣成市方正爆破工程有限公司负担25212元，中国核工业二四建设有限公司石岛湾核电项目部负担7788元；

本判决为终审判决。