一、判决由内蒙古草原伊佳牧业发展有限公司支付内蒙古永亨建设工程有限责任公司工程价款1435300元，支付违约金270821.25元共款1706121.25元。违约金计算方式：1435300元－（5900000元的5%即295000元）－295000元=1140300元×4.75%利率×2倍×2.5年；

二、由内蒙古永亨建设工程有限责任公司赔偿内蒙古草原伊佳牧业发展有限公司武川县耗赖山乡肉牛肉羊基地办公楼、车间工程质量缺陷修复费181770.95元、鉴定费37000元共款218770.95元；

以上二项相抵后再由内蒙古草原伊佳牧业发展有限公司支付内蒙古永亨建设工程有限责任公司工程价款1487350元，款于判决生效后三十日内付清；

驳回内蒙古永亨建设工程有限责任公司及内蒙古草原伊佳牧业发展有限公司的其它诉讼请求。

如果未按本判决指定的期间给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定加倍支付迟延期间的债务利息。

案件受理费23736元，由内蒙古永亨建设工程有限责任公司负担3581元，由内蒙古草原伊佳牧业发展有限公司负担20155元。反诉费4632元，由内蒙古永亨建设工程有限责任公司负担。

如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院提交上诉状，并按照对方当事人的人数提出副本，上诉于内蒙古自治区呼和浩特市中级人民法院。