一、安徽三九保健食品有限公司立即停止使用带有“三九”字号的企业名称并办理企业名称变更登记手续，变更后的企业名称中不得含有“三九”字样；

二、安徽三九保健食品有限公司、安徽全康药业有限公司立即停止生产、销售带有“三九”字号的侵权商品；江阴市和元大药房有限公司立即停止销售带有“三九”字号的侵权商品；

三、安徽三九保健食品有限公司于该判决发生法律效力之日起十日内赔偿华润三九医药股份有限公司经济损失及合理开支共计200000元；安徽全康药业有限公司对100000元承担连带赔偿责任；

四、驳回华润三九医药股份有限公司其他诉讼请求。

如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

案件受理费减半收取7125元（华润三九医药股份有限公司已预交），由华润三九医药股份有限公司负担2885元；由安徽三九保健食品有限公司、安徽全康药业有限公司负担4240元，安徽三九保健食品有限公司、安徽全康药业有限公司应负担的部分于本判决发生法律效力之日起十日内直接向本院缴纳（开户名称：江阴市财政局非税收入专户；开户账号：01×××14；开户银行：农村商业银行江阴农商银行营业部）。

如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状及副本二份，上诉于江苏省无锡市中级人民法院，同时根据《诉讼费用交纳办法》的有关规定，向该院预交上诉案件受理费。