一、被告四川省科茂建筑工程有限公司自本判决生效之日起十日内向原告云南云涌交通设施有限公司支付报酬41332.8元。

二、被告四川省科茂建筑工程有限公司自本判决生效之日起十日内向原告云南云涌交通设施有限公司支付违约金7133.28元。

三、被告四川省科茂建筑工程有限公司自本判决生效之日起十日内向原告云南云涌交通设施有限公司支付自2017年9月28日起至全部款项付清之日止，以欠付报酬41332.8元为基数，按人民银行同期同种类贷款利率计算的资金占用利息。

四、驳回原告云南云涌交通设施有限公司的其余诉讼请求。

如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

案件受理费1083元，由被告四川省科茂建筑工程有限公司负担。

如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按照对方当事人或者代表人的人数提出副本，上诉于云南省昆明市中级人民法院。