一、解除原告莱阳市修建工程公司与被告烟台恒利物资配件有限公司于2009年12月8日签订的建设工程施工合同以及于2010年4月9日签订的补充协议。

二、被告烟台恒利物资配件有限公司于本判决生效之日起十日内向原告莱阳市修建工程公司支付工程款3257870.37元。

三、驳回原告莱阳市修建工程公司的其他诉讼请求。

案件受理费50300元，保全费5000元，鉴定费125000元，共计180300元，由原告莱阳市修建工程公司负担73500元，被告烟台恒利物资配件有限公司负担106800元。

如被告未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于山东省高级人民法院。