一、被告广东耀南建筑工程有限公司应于本判决生效之日起三十日内将填埋在原告怀集县凤岗镇桃花村登田第三经济合作社上述耕田面积为1376.30平方米的淤泥予以清理，并恢复至耕田可耕作状态（以农业部门验收为准）。原告怀集县凤岗镇桃花村登田第三经济合作社在被告广东耀南建筑工程有限公司清理淤泥过程中负有给予便利及协助的义务；

二、被告广东耀南建筑工程有限公司应于本判决生效之日起五日内赔偿3296元给原告怀集县凤岗镇桃花村登田第三经济合作社；

三、驳回原告怀集县凤岗镇桃花村登田第三经济合作社的其他诉讼请求。

如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

案件受理费550元，减半收取275元，评估费8000元，两项合计8275元，由被告广东耀南建筑工程有限公司负担。

如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于广东省肇庆市中级人民法院。