一、被告昌吉市西域娜依餐厅于本判决生效之日起十五日内支付原告新疆时代博艺建设工程有限公司工程款614042.06元；

二、反诉被告新疆时代博艺建设工程有限公司于本判决生效之日起十五日内支付反诉原告昌吉市西域娜依餐厅违约金48000元；

三、鉴定费18000元，由反诉原告昌吉市西域娜依餐厅承担9000元，由反诉被告新疆时代博艺建设工程有限公司承担9000元，于本判决生效之日起十五日内支付反诉原告昌吉市西域娜依餐厅；

四、驳回原告新疆时代博艺建设工程有限公司及反诉原告昌吉市西域娜依餐厅的其他诉讼请求。

如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

本案受理费15584元（此款由原告预交），由原告新疆时代博艺建设工程有限公司负担7688元，由被告昌吉市西域娜依餐厅负担7896元。反诉费3774元（此款由反诉原告预交），由反诉原告昌吉市西域娜依餐厅负担3339元，由反诉被告新疆时代博艺建设工程有限公司负担435元。

如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于新疆维吾尔自治区昌吉回族自治州中级人民法院。