一、被告九江市第三建筑工程公司于本判决生效后十五天内支付原告九江勇越暖通环保设备有限公司工程款391343.49元及逾期付款违约金（以391343.49元为基数，按日万分之二的标准自2018年8月16日起算至款项付清之日止）。

二、被告九江市第三建筑工程公司于本判决生效后十五天内支付原告九江勇越暖通环保设备有限公司鉴定费10000元。

三、驳回原告九江勇越暖通环保设备有限公司的其他诉讼请求。

如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

案件受理费9804.74元减半收取4902.37元，由原告承担1242.37元，被告承担3660元。

如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于江西省九江市中级人民法院。