一、被告如东县潮桥建筑工程有限公司于本判决发生法律效力之日起十五日内向原告江苏琦衡农化科技有限公司开具并交付金额为15904835.78元的工程款增值税发票。

二、驳回原告江苏琦衡农化科技有限公司其余诉讼请求。

案件受理费减半收取4400元，由被告如东县潮桥建筑工程有限公司公司负担4228元，由原告江苏琦衡农化科技有限公司负担172元。

如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于江苏省南通市中级人民法院，同时向该院预交上诉案件受理费8800元（户名：江苏省南通市中级人民法院，开户行：中国银行南通市濠南路支行，账号：46×××65）。