一、维持辽宁省沈阳市中级人民法院（2019）辽01民初831号民事判决第一项、第三项、第五项、第六项及案件受理费、财产保全费负担部分；

二、变更辽宁省沈阳市中级人民法院（2019）辽01民初831号民事判决第二项为，沈阳市农业科学院种业有限公司于本判决生效之日起十日内偿还盛京银行股份有限公司沈阳市松陵支行逾期利息583，625元，并给付自2019年4月1日起至实际给付之日止的逾期利息，以2500万元为基数，按合同约定利率1.5倍即年利率9.135%计算；

三、变更辽宁省沈阳市中级人民法院（2019）辽01民初831号民事判决第四项为，本判决第二、第三项逾期利息、违约金总金额以不超过借款本金2500万元的年利率24%为限。

二审案件受理费194，750元，由沈阳市农业科学院负担。

本判决为终审判决。