一、维持辽宁省大连市中级人民法院（2014）大民二初字第00111号民事判决的第三项；

二、撤销辽宁省大连市中级人民法院（2014）大民二初字第00111号民事判决的第二项；

三、变更辽宁省大连市中级人民法院（2014）大民二初字第00111号民事判决的第一项为：辽宁连盛基建集团有限公司于本判决生效之日起十五日内向大连市甘井子区建筑安装工程公司栋文工程处支付劳务费和材料款合计2，581，310元（包含签证单工程款141，425元）；

四、辽宁连盛基建集团有限公司于本判决生效之日起十五日内向大连市甘井子区建筑安装工程公司栋文工程处支付逾期付款违约金，以6，248，620元为基数，自2014年1月24日起至本判决确定的付款之日止，按照日万分之一的标准计算；

五、驳回大连市甘井子区建筑安装工程公司栋文工程处的其他诉讼请求。

如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

一审本诉案件受理费128，744元，由大连市甘井子区建筑安装工程公司栋文工程处负担100，744元，辽宁连盛基建集团有限公司负担28，000元；鉴定费170，000元，由大连市甘井子区建筑安装工程公司栋文工程处负担85，000元，辽宁连盛基建集团有限公司负担85，000元；反诉案件受理费22，874元，由辽宁连盛基建集团有限公司负担。二审案件受理费163，949元（大连市甘井子区建筑安装工程公司栋文工程处预交本诉部分上诉费84，277元，辽宁连盛基建集团有限公司预交本诉部分上诉费58，543元、反诉部分上诉费21，129元），由大连市甘井子区建筑安装工程公司栋文工程处负担94，277元，辽宁连盛基建集团有限公司负担69，672元（含反诉部分上诉费21，129元）。

本判决为终审判决。