一、厦门锦园物流有限公司于本判决生效之日起十日内向厦门港务运输有限公司支付运费6286820.62元及逾期利息（以6286820.62元为基数，自起诉之日起按中国人民银行同期同类贷款利率计算至实际付款之日止）；

二、驳回厦门港务运输有限公司的其他诉讼请求。

案件受理费63682元，由厦门锦园物流有限公司负担54016.5元、由厦门港务运输有限公司负担9665.5元。

如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于福建省厦门市中级人民法院。