一、维持西安市中级人民法院（2016）陕01民初1555号民事判决的第二项、第三项、第五项；

二、撤销西安市中级人民法院（2016）陕01民初1555号民事判决的第四项；

三、变更西安市中级人民法院（2016）陕01民初1555号民事判决第一项为：本判决生效之日起十日内，陕西华都置业有限责任公司支付陕西建工集团第二建筑工程有限公司工程款5844197.28元，并支付该款自2009年8月24日起至判决给付之日止，按照同期银行贷款利率计算的利息；

四、驳回陕西建工第二建设集团有限公司的其他诉讼请求。

如果未按本判决指定的期间履行金钱给付义务，应当依据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

一审本诉案件受理费191185元，由陕西建工第二建设集团有限公司负担136807元，陕西华都置业有限责任公司负担67992元；反诉案件受理费48872元，由陕西建工第二建设集团有限公司负担24872元，陕西华都置业有限责任公司负担24000元，鉴定费270000元，由陕西建工第二建设集团有限公司负担150000元，陕西华都置业有限责任公司负担120000元。二审案件受理费78221元，由陕西建工第二建设集团有限公司负担71414元，陕西华都置业有限责任公司负担6807元

本判决为终审判决。