一、维持陕西省咸阳市杨陵区人民法院（2019）陕0403民初549号民事判决第一、二、三、五项即“杨凌农科城市地下空间开发建设有限公司与杨凌自再天然养生产业发展有限公司(原杨凌益元康健康产业发展有限公司）于2014年10月29日签订的房屋租赁协议无效；”“杨凌自再天然养生产业发展有限公司向杨凌农科城市地下空间开发建设有限公司交回租赁的位于杨凌示范区XX路的房屋及院落(已履行)；”“杨凌自再天然养生产业发展有限公司于本判决生效后五日内再支付杨凌农科城市地下空间开发建设有限公司2015年3月1日至2018年7月13日房屋使用费344840元；”“驳回杨凌农科城市地下空间开发建设有限公司的其他诉讼请求。”

二、撤销陕西省咸阳市杨陵区人民法院（2019）陕0403民初549号民事判决第六项。

三、变更陕西省咸阳市杨陵区人民法院（2019）陕0403民初549号民事判决第四项为“杨凌农科城市地下空间开发建设有限公司于本判决生效后五日内赔偿杨凌自再天然养生产业发展有限公司装修损失1356036元（已支付500000元）。”

四、驳回杨凌自再天然养生产业发展有限公司的其他反诉请求。

如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

一审案件受理费3366元，由杨凌自再天然养生产业发展有限公司负担；反诉费17869元，由杨凌农科城市地下空间开发建设有限公司负担5208元，由杨凌自再天然养生产业发展有限公司负担12661元；鉴定费45000元，由杨凌农科城市地下空间开发建设有限公司负担27000元，杨凌自再天然养生产业发展有限公司负担18000元；二审案件受理费13600元，由杨凌农科城市地下空间开发建设有限公司负担13082元，由杨凌自再天然养生产业发展有限公司负担518元。

本判决为终审判决。