一、维持阳江市江城区人民法院（2018）粤1702民初5024号民事判决的第二项；

二、撤销阳江市江城区人民法院（2018）粤1702民初5024号民事判决的第三项；

三、变更阳江市江城区人民法院（2018）粤1702民初5024号民事判决的第一项为：阳江市永宜房地产有限公司在本判决生效之日起十日内支付逾期付款违约金11002669元给阳江市自然资源局；

四、驳回阳江市自然资源局的其他诉讼请求。

如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

一审案件受理费122286元，由阳江市自然资源局负担40762元，阳江市永宜房地产有限公司负担81524元；反诉受理费61143元，由阳江市永宜房地产有限公司负担。二审案件受理费226507元，由阳江市自然资源局负担40762元，阳江市永宜房地产有限公司负担185745元。本判决为终审判决。