一、被告六安城市建设投资有限公司支付原告万源生态股份有限公司工程款1279999.95元，款于本判决生效之日起十日内付清；

二、驳回原告万源生态股份有限公司的其他诉讼请求。

如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。（本院开户行：六安农村商业银行股份有限公司皋城路分理处，账号：20000533126310300000155，户名：六安市金安区人民法院）。

案件受理费19540元，减半收取计9770元，由原告万源生态股份有限公司负担2350元，被告六安城市建设投资有限公司负担7420元。

如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于安徽省六安市中级人民法院。