一、撤销湖北省十堰市茅箭区人民法院（2018）鄂0302民初1322号民事判决；

二、十堰神龙源房地产开发有限公司支付十堰市自然资源和规划局土地出让金2103800元和违约金（违约金以2103800元为基数，按照中国人民银行公布的同期贷款利率计算，从2009年12月16日计算至付清之日止）；

三、驳回十堰市自然资源和规划局的其他诉讼请求。

以上应付款项应于判决生效后十日内支付。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

一审案件受理费47482元，减半收取23741元，由十堰神龙源房地产开发有限公司负担。鉴定费63000元，由十堰市自然资源和规划局、十堰神龙源房地产开发有限公司各自负担31500元。二审案件受理费8800元，由十堰神龙源房地产开发有限公司负担1800元，十堰市自然资源和规划局负担7000元。

本判决为终审判决。