一、被告十堰神龙源房地产开发有限公司支付原告十堰市国土资源局土地出让金2103800元和违约金（以2103800元为基数，按照日万分之一的标准从2009年12月16日计算至付清之日止）；

二、驳回原告十堰市国土资源局的其他诉讼请求。

以上应付款项应于判决生效后十日内支付。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

案件受理费47482元，减半收取23741元由被告十堰神龙源房地产开发有限公司承担。鉴定费63000元，由原告十堰市国土资源局和被告十堰神龙源房地产开发有限公司各自承担一半。

如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于湖北省十堰市中级人民法院。

本判决发生法律效力后，当事人必须履行。一方拒绝履行的，对方当事人可以向人民法院申请执行。申请执行的期间为二年，该期间从指定履行期间的最后一日起计算。