本院审查认为，中航物流公司的再审申请事由不能成立。具体评析如下：

关于层层转委托货物运输合同的认定问题。中航物流公司与中信物流公司对双方签订的案涉六份《货物运输合同》的真实性均无异议。从中航物流公司与中信物流公司、中信物流公司与广西玉柴物流集团有限公司柳州分公司（以下简称玉柴柳州分公司）之间的合同签订情况来看，中航物流公司将案涉煤炭运输业务委托中信物流公司履行，之后中信物流公司又与玉柴柳州分公司签订《货物运输合同》及《补充协议》，将其与中航物流公司合同项下的业务转委托给玉柴柳州分公司承运，而《货物运输合同》及《补充协议》所约定的煤炭运输期间亦与中航物流公司、中信物流公司之间《货物运输合同》约定运输期间及基本交易模式相对应。原审据此认定本案存在层层转委托的货物运输合同关系不缺乏证据证明。

关于根据复印件认定相关事实的问题。根据中航物流公司与中信物流公司签订的《货物运输合同》，中航物流公司负有始发站装货、到货站卸货验收、核对单据、发出付款指示义务。中信物流公司以中航物流公司《业务确认函》或《付款通知函》为依据向第三方支付物流费用，按指示付款后再向其开具运输发票，中航物流公司在中信物流公司付款后30天内将费用支付中信物流公司。《货物运输合同》《煤炭业务货运信息结算明细》《确认函》虽为复印件，但结合合同约定的交易模式，再结合中信物流公司对第三方付款、中航物流公司向中信物流公司付款的事实，前述复印件与相关事实能够相互印证，原审据此采信复印件不违反民事诉讼证据规则。在此基础上，原审认为，根据《货物运输合同》《煤炭业务货运信息结算明细》《确认函》及中航物流公司的《付款通知》，能够证明案涉运输业务已经中航物流公司书面确认完成，中信物流公司根据中航物流公司的指令已向下游公司支付了运费，这一认定不缺乏证据证明。

关于另诉的问题。原审根据认定的事实，认为中航物流公司主张后三份合同没有履行的理由不成立，中航物流公司要求中信物流公司返还多支付的运输费并支付相应的利息的请求不应支持。而中航物流公司最终还应向中信物流公司支付多少运输费用，因中信物流公司在本案中未提出反诉，而是已就运费结算问题另行提起诉讼，且该案正在审理中，原审不在本案中审理并无不当。

综上所述，中航物流公司的再审申请不符合法定情形。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零四条第一款，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第三百九十五条第二款规定，裁定如下：

驳回中航国际煤炭物流有限公司的再审申请。