本院认为，原告因被告已经按时向其支付完毕货款，现原告金秋公司自愿申请撤回本案起诉，不违反法律规定。

依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十五条第一款规定，裁定如下：

准许甘肃金秋大地农业科技有限责任公司撤诉。

减半收取案件受理费662.68元（原告已预交2，662.68元），由原告金秋公司负担，本院退还金秋公司2，000元。