一、平潭金井现代农业科技有限公司应于本判决书生效之日起十日内向平潭综合实验区申辉建材经营部偿还货款40400元；

二、驳回平潭综合实验区申辉建材经营部的其他诉讼请求。

如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

案件受理费810元，减半收取计405元，由平潭金井现代农业科技有限公司负担。

如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于福建省福州市中级人民法院。