一、被告北部湾财产保险股份有限公司深圳分公司在商业第三者责任险的赔偿限额内赔偿原告广州市中旅汽车服务有限公司维修费及拖车费共计59358.7元；

二、被告李卓辉赔偿原告广州市中旅汽车服务有限公司停运损失48000元；

三、驳回原告广州市中旅汽车服务有限公司的其他诉讼请求。

上述金钱给付义务应当在本判决生效之日起七日内履行完毕。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

案件受理费2757元，由原告广州市中旅汽车服务有限公司负担348元，由被告北部湾财产保险股份有限公司深圳分公司负担1332元，由被告李卓辉负担1077元。原告已预缴1378元，本院退回1030元（1378元-348元）。被告北部湾财产保险股份有限公司深圳分公司和李卓辉应当在本判决生效之日起七日内分别向本院缴纳1332元和1077元。

如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人或者代表人的人数提出副本，上诉于广东省广州市中级人民法院。