一、维持鄂州市鄂城区人民法院（2019）鄂0704民初1174号民事判决书第三项，即“驳回湖北东吴物流有限公司反诉的全部诉讼请求”；

二、撤销鄂州市鄂城区人民法院（2019）鄂0704民初1174号民事判决书第一项、第二项，即“湖北东吴物流有限公司在本判决生效之日起十日内一次支付鄂州市凤凰建筑安装工程有限公司工程款3535815.66元，利息335313.19元（自2016年7月4日暂算至2018年1月24日止），合计3871128.85元（后期利息以3535815.66元为基数，按照年利率6%计算至还清之日）”、“驳回鄂州市凤凰建筑安装工程有限公司其他诉讼请求”；

三、上诉人湖北东吴物流有限公司在本判决生效之日起十日内一次性支付上诉人鄂州市凤凰建筑安装工程有限公司工程款3549345.45元，利息336596.26元（自2016年7月4日暂算至2018年1月24日止，按照年利率6%计算），合计3885941.71元（后期利息以3549345.45元为基数，按照年利率6%计算至清偿之日止）；

四、驳回上诉人鄂州市凤凰建筑安装工程有限公司其他诉讼请求。

一审案件受理费65115元，保全费5000元，合计70115元，由上诉人鄂州市凤凰建筑安装工程有限公司负担

34394.92元，由上诉人湖北东吴物流有限公司负担35720.08元；反诉费用18000元，由上诉人湖北东吴物流有限公司负担。二审案件受理费55383元，由上诉人鄂州市凤凰建筑安装工程有限公司负担27168.14元，由上诉人湖北东吴物流有限公司负担28214.86元。鉴定费用564000元，由上诉人鄂州市凤凰建筑安装工程有限公司负担276670.20元，由上诉人湖北东吴物流有限公司负担287329.80元（一、二审各方应负担的诉讼费用、鉴定费用，已由对方垫付的，执行中一并解决）。

本判决为终审判决。