一、维持山东省菏泽市中级人民法院（2017）鲁17民初98号民事判决的第三项，即驳回巨野县住房和城乡建设局的反诉请求；

二、撤销山东省菏泽市中级人民法院（2017）鲁17民初98号民事判决的第二项，即驳回天津市中滨园林工程有限公司其他诉讼请求；

三、变更山东省菏泽市中级人民法院（2017）鲁17民初98号民事判决的第一项为巨野县住房和城乡建设局于本判决生效之日起十日内支付天津市中滨园林工程有限公司工程款5807075.65元及利息（利息以5807075.65元为基数自2015年7月20日起按照中国人民银行同期同类贷款基准利率计算至本判决确定的支付之日，如果巨野县住房和城乡建设局在履行期限届满前自动履行，利息计算至自动履行之日）；

四、驳回天津市中滨园林工程有限公司其他诉讼请求。

如果未按照本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

一审本诉案件受理费153800元，由天津市中滨园林工程有限公司负担113812元，由巨野县住房和城乡建设局负担39988元；反诉案件受理费23400元，由巨野县住房和城乡建设局负担；鉴定费130000元，由双方各负担65000元。二审案件受理费40215.85元，由巨野县住房和城乡建设局负担。

本判决为终审判决。