建筑公司给农民工开收入证明与交税没有什么必然的关系。如果建筑公司有支付农民工收入，但从来没有代扣缴过个人所得税，那么收入证明可能成为建筑公司没有履行代扣缴义务的证据材料。

从防范税务风险的角度，建议：一、建筑公司要明确，其与聘请的农民工是否存在较稳定的雇佣关系，是否签订用工合同，如果确认为员工的话，支付的工资薪金收入应扣缴工资薪金所得个人所得税，同时按照社保法的等相关规定申报缴纳社保费。二、对于不构成雇佣关系，仅仅是几天或一次性劳务的支出，应按照劳务报酬代扣缴个人所得税，同时到税务局申请代开个人劳务发票，才能在成本费用项目中合法列支。