在认缴制下，实缴资本可能会小于等于认缴资本，则实缴资本小于认缴资本情况下，公平合理的利润分配，分析如下：

1.大部分情况下，都是按照实缴资本来分配利润。理由是，首先，资金是有时间价值的，投入的实缴资本，投资者损失了将这个款项投到其他项目或放在银行所获得的收益或利息等机会收益，付出了机会成本。其次，实缴资本比未交的认缴资本，承担着给企业或项目实实在在的资金支持，而认缴资本未到位，没有发挥实际的购货或支付工资或打广告等功效，只是挂着虚名而已。再次，实缴资本承担着实实在在的风险。

2.如果有其他特殊情况，可以约定不按照实缴资本分配利润。理由是，认缴资本的投资人，虽然资本没有实缴到位，但可能他具有独门技术、客户资源或政府关系等，比其他实缴资本的股东，更易带来收入和利润等。

3.理论上同股同权同利，但不是简单的字面理解与应用，而是结合实际情况，本质贡献和风险承担等因素，综合考虑，确定采用实缴资本或认缴资本比例来分配利润，才更加体现公平合理，才可以调动投资人积极性，更好的合作。

4.合同或协议约定按照什么方式分配利润，只要公平合理，法律上都是认可的。

5.以上适用于公司制或合伙制企业等单位哦。

现在注册公司的注册资金不像以前一定要资金到位。如今是可以延后到位，也就是说可以不到位。那么注册资金的数量就是一个虚的数字而已，没有太多的实际意义。只不过表面看上去顺眼一点吧！一个实际资金1000万的公司，也可以注册10亿的注册资金。但是，实际上可能连一千万还是暂时的。

按照注册资金的认购比值进行利润分配显然是不科学的。要不有些人就可以什么事情都不做，就跟别的公司和兼并合作，而后把兼并来的公司的注册资金增加个十倍或八倍的，且不往里面放钱，最后还可以拿到企业的大部分收益，这显然是不可能的。

按照实际的资本投入是一种基本的选择，但也不完成是这样的。一般是要根据合同协议来处理。比如有些公司的运作是市场主导的，那么有客户资源的人可能在协议中会多一些收益；还有，技术含量高的公司，技术人员可能也会增加一部分的利润分配，甚至给予一些技术按照一定的资金进行折算股份。

不同的公司特点有着不同的利润分配方式，主要是要各投资人协商一致同意后才执行，一切以书面协议为准。

另外，还有一些合伙公司，不仅有前面这些情况出现。还有有些原始投资人要承担无限责任，而有些却是只承担有限责任。也就是说后面的有限责任的投资人在利益面前是实行共享收益，但在出现大规模的亏损情况下只对投资资金承担有些责任，而不再追加额外的赔偿责任。

总之，一切要在法律框架下的合同约定为准，至于按照注册资金还是按照实际资金也是以合同约定为准。但是，在注册资金和实际支付的比例不一致时，还是应该倾向于实际支付的资金为利润分配更为合理。