公司借款协议既可以用公章，也可以用合同专用章。

公章的权威性高于合同专用章，如果两个章都没有外出，都在公司的话，借款协议优先加盖公章。

公章和合同章都具有法律效力的，所以在公章外出时，借款协议上加盖合同专用章也是可以的。

在签订借款协议时，除了关注加盖什么印章之外，协议的内容也需要特别把关，免得由于内容不严谨，存在漏洞或歧义为日后的还款造成不必要的麻烦。毕竟现在欠钱的是大爷哦。

个人就办公司，实践中，公章，合同章都一样。都要负责，都有法律效力！但用公章的时候多！合同章只是公章不在时，才用！