《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函[2010]156 号）第三条规定，建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的 0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。

《海南省国家税务局关于企业所得税预缴若干事项的公告》（海南省国家税务局公告 2017 年第 1 号）第三条规定，省内建筑企业总机构直接管理的跨市县设立的项目部（包括与项目部性质相同的工程指挥部、合同段、工程队、施工队等，下同），应按项目实际经营收入的 0.2%向项目所在地主管税务机关预缴企业所得税。项目实际经营收入不含支付给分包单位的款项。

所以，你公司省内异地设立的项目部预缴企业所得税的实际经营收入按扣除分包款后的金额计算。