关于这个问题回答如下：

1.首先补缴税款及滞纳金，一个是个人所得税补缴税款及滞纳金，同时税务机关会根据情节轻重给予偷逃税款50%以上5倍以下的罚款。

2.税务机关在检查过程中还要对用假发票冲减企业成本费用的问题要求补缴企业所得税税款及滞纳金。如果核实这部分假发票成本费用实际是冲抵了实际发放的工资，这部分实际支付的工资允许在当年企业所得税税前扣除。如果核查确实假发票金额与发放的工资金额相等，则企业所得税应纳税所得额无需调整。

3.这种情况一旦被税务机关查处，建议主动说明情况，接受税务机关处理。同时建议对其他税务机关没有发现的假发票问题进行认真自查，特别是金额很大的，一定要及时进行整改，避免时间拖得越长，税务机关查处时间越晚，企业承担的税收滞纳金将会越多。情节严重的，可能还会追究刑事责任，如果自查整改，会最大限度防范涉税风险。