1.如果工薪族平时专项附加扣除项目填写比较完整，年度终了也没有其他需要申报扣除的项目或者未在平时申报的免税收入，没有全年一次性奖金发放，或者有全年一次性奖金发放，不过年度汇算全年一次性奖金选择单独计税更有利，不需要重新选择合并计税。这种情况一般预扣预缴个人所得税与年度汇算清缴应纳税额是一致的。

2.如果工薪阶层收入比较低，比如年收入不到6万元，全年一次性奖金个人所得税预扣预缴申报时进行了单独计税申报，这种情况全年应纳税额为零，但是平时预扣预缴了个人所得税，两者就会存在差异。

3.如果工薪阶层平时预扣预缴了个人所得税，由于专项附加扣除项目、免税项目平时未申报，或者有需要年度汇算申报扣除的其他扣除项目，这种情况会导致预扣预缴税款与年度汇算应纳税额不一致。

4.如果工薪阶层平时专项附加扣除项目、免税项目均进行了扣除，年度也没有其他扣除项目 ，由于全年一次性奖金如果年度汇算选择合并计算可能更有利，这种情况预扣预缴税款与年度汇算也会存在差异。

5.如果工薪阶层除了工资薪金外，还有劳务报酬、稿酬、特许权使用费个人所得税综合所得项目，这可能也会导致预扣预缴税款与年度应纳税额存在差异。