有限责任公司（自然人独资）需要交企业所得税。原因主要有两个：

一、有限责任公司的股东承担有限责任

根据公司法等，我国的企业法人为有限责任公司(包括自然人独资，下同)和股份有限公司，以其公司资产对公司的债务承担有限责任;股东以其认缴的资本对公司的债务承担有限责任。

而个人独资企业、个体工商户、合伙企业不能独立承担民事责任，为非企业法人，这些企业的民事责任由企业主个人来承担(合伙企业由普通合伙人承担，下同)，而且是连带责任。

二、有限责任公司具有独立的法人财产权

企业法人，依法独立享有民事权利和承担民事义务，具有民事权利能力和民事行为能力，能够独立承担民事责任。

与股东的有限责任相对应的是公司的独立法人地位。公司名义独立，发起人和股东无权对外代表公司;财产独立，独立的法人财产，享有法人财产权，除清算分配剩余财产以及法定程序分红，股东不得擅自占有;责任独立，独立承担民事责任。

而个人独资企业、个体工商户、合伙企业，企业财产不独立，其财产与企业主个人难以分割;企业名义不能独立，企业主代表公司;责任不独立，企业行为归属企业主个人，企业主对企业债务承担连带责任。

个人认为正是基于以上两点，有限责任公司以公司名义缴纳企业所得税;而个人独资企业、个体工商户、合伙企业以个人名义缴纳个人所得税，而不缴纳企业所得税。