一、维持山东省沂源县人民法院（2019）鲁0323民初3625号民事判决第五项。

二、撤销山东省沂源县人民法院（2019）鲁0323民初3625号民事判决第四项，即驳回原告日照科大建设集团有限公司的其他诉讼请求；

三、变更山东省沂源县人民法院（2019）鲁0323民初3625号民事判决第一项为：聊城市公路工程总公司支付日照科大建设集团有限公司工程款91381.35元（917108.25元+504034.5元-1329761.4元），并支付利息（以91381.35元为基数，自2019年11月11日始至款项付清之日止按全国银行间同业拆借中心公布的一年期贷款市场报价利率计算）；第二项为：聊城市公路工程总公司支付日照科大建设集团有限公司租赁机械费等费用214676元，并支付利息（以214676元为基数，自2019年11月11日始至款项付清之日止按全国银行间同业拆借中心公布的一年期贷款市场报价利率计算）；第三项为：聊城市公路工程总公司支付日照科大建设集团有限公司鉴定费13600元。上述各项支付内容，于本判决生效后十日内付清。

四、驳回日照科大建设集团有限公司的其他诉讼请求。

如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

一审案件受理费11008元，由日照科大建设集团有限公司负担6338元，聊城市公路工程总公司负担4670元。保全费5000元，由聊城市公路工程总公司负担；反诉费6571元，由聊城市公路工程总公司负担。二审案件受理费11008元，由日照科大建设集团有限公司负担6338元，聊城市公路工程总公司负担4670元。

本判决为终审判决。