一、被告安徽金运房地产开发有限公司于判决生效之日起十日内给付原告安徽省阜阳市第九建筑有限责任公司建设工程款4003859.46元及利息（从2018年5月3日起至付清工程款之日，按中国人民银行同期贷款利率的3倍计息）；

二、被告安徽金运房地产开发有限公司于判决生效之日起十日内给付原告安徽省阜阳市第九建筑有限责任公司违约金249394.59元；

三、驳回原告其他诉讼请求。

案件受理费151195元（原告预交），由原告负担120288元，被告负担30907元。鉴定费360000元（被告预交）原告负担47384元，被告承担312616元。