准许原告潍坊市东升防水材料有限公司撤回起诉。

案件受理费9966元，因原告在法庭调查终结前减少诉讼请求，根据《诉讼费用交纳办法》第二十一条的规定，本案一审案件受理费应按其减少后的诉讼请求数额计算为50元，减半收取25元，由原告潍坊市东升防水材料有限公司负担。