一、确认无锡灵山元一投资发展有限公司结欠嘉兴市开元建筑工程有限公司工程款36432725.09元；

二、确认无锡灵山元一投资发展有限公司应赔偿嘉兴市开元建筑工程有限公司逾期支付工程进度款利息损失1167914.76元、停窝工损失2514745.88元、停建项目可得利益损失3480000元；

三、嘉兴市开元建筑工程有限公司就上述第一项的工程款债权36432725.09元可在其承建的涉案灵山三期工程配套接待中心工程折价或者拍卖的价款中优先受偿；

四、驳回嘉兴市开元建筑工程有限公司的其他诉讼请求；

五、驳回第三人交通银行股份有限公司无锡分行的诉讼请求。

案件受理费265261元、保全费5000元、工程造价及停窝工损失鉴定费806924元，合计1077185元（均由开元公司预交），由开元公司负担196385元，元一公司负担880800元，因双方同意自行交接诉讼费用，故由元一公司将其应负担的费用直接支付给开元公司；第三人提起诉讼的案件受理费减半收取95900元（交行无锡分行预交），由交行无锡分行负担；笔迹及印章鉴定费3000元（开元公司预交），由开元公司和交行无锡分行各负担1500元，交行无锡分行于本判决发生法律效力之日起十日内向开元公司支付该1500元。

如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于江苏省高级人民法院。根据国务院《诉讼费用交纳办法》，同时向江苏省高级人民法院预交上诉案件受理费。